Kirchensteuer berechnet sich aus der Einkommensteuer. Als vorausberechnete Einkommensteuer behält der Arbeitgeber die Lohnsteuer ein und führt sie (und ggf. die Kirchensteuer) ab.
Wenn beide Arbeitgeber Lohnsteuer einbehalten, dann auch Kirchensteuer. Insofern erscheint mir das richtig. Über die Steuererklärung zieht sich das wieder gerade.
Das war jetzt aber auch spontan aus dem Bauch, Haftung werde ich für den Gedanken nicht übernehmen. 
Im Zweifel Steuerberater kontaktieren oder zumindest bei Arbeitgeber Nr. 2 im Lohnbüro einmal nachfragen. Wenn die Antwort zu schwammig ist, kann man sich noch immer woanders Hilfe holen.
Die Lohnsteuer ist die Bemessungsgrundlage für die Kirchensteuer, in vielen Bundesländern beträgt die Kirchensteuer z.B. 9% der Lohnsteuer.
Kirchensteuer fällt tatsächlich für die gesamten Einkünfte an - also z.B. auch für Vermietungseinkünfte und für Kapitalerträge, bei denen es ja keinen Arbeitgeber gibt, der bereits Steuerbeträge an das Finanzamt abführt.
