Die Frage ist doch nicht PC oder Smartphone, beide können kompromittiert sein.
Die Frage ist was nimmst du als zweiten Faktor? Smartphone oder beispielsweise Chip TAN?
Auf dem Chip TAN siehst du die Kontonummer und den Betrag, wenn es nicht passt dann brichst du einfach ab. Sogar mit einem kompromittierten Smartphone oder PC kann man auf diese Weise gefahrlos Geld überweisen.
Alles klar?
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Bei mir ist alles klar, danke der Nachfrage. 
Wenn man sich aber nicht jeden Mist auf sein Endgerät zieht, nicht jede unbekannte Mail öffnet und den normalen Menschenverstand einschaltet dann ist das Risiko gering, dass beide Geräte gleichzeitig betroffen sind. Wenn man dazu ein Endgerät verwendet, welches regelmäßig vom Anbieter aktualisiert wird, dann reduziert sich das Risiko weiter. Dies setzt aber voraus, dass man etwas mehr Geld ausgibt als für die billig Smartphones, die nur bei der Auslieferung einmal mit Software versehen werden.
Habe selber Chip-Tan und vorher HBCI mit Starmoney verwendet und bin mir der Angriffs möglichkeiten sehr wohl bewusst.
Wenn Sicherheit einem so wichtig ist, dann würde ich empfehlen eine der ortsansässigen Banken zu wählen, wo man Überweisungsträger direkt einreichen kann. Meist ist den Oberbedenkenträgern dann aber die Kostenaufwand zu hoch und der Aufwand zu hoch, als dass sie sich dafür entscheiden würden.
Manchmal frage ich mich, ob das ehrliche Sichtweisen sind oder nur Trolle die mit Hirngespinsten um sich werfen. Denn was wäre, wenn die Server der Bank angegriffen würden, dann müsste man das Geld in Bar daheim lagern. Aber wenn das Haus abbrennt, hätte man kein Geld mehr. 
Einen Tod wird man sterben müssen.
Außer man gründet eine Bank selber und realisiert dann die eigenen Sicherheitsanforderungen. 